Aufgabe der „Germania Sacra“ ist die Erschließung und Veröffentlichung der vielfältigen und umfangreichen Überlieferung zur Geschichte der Kirche des Alten Reiches und ihrer Institutionen. Hierzu wird das Quellenmaterial aus Archiven und Bibliotheken in Form von Handbüchern publiziert. Die Handbücher bieten eine ausführliche Beschreibung der Diözesen, Domstifte, Säkularstifte und Klöster der Kirche des Alten Reiches und werden nach einem einheitlichen Schema verfasst. Das Vorhaben thematisiert epochenübergreifend die Kirchengeschichte der gesamten Vormoderne vom 5. bis zum frühen 19. Jahrhundert. Der Schwerpunkt liegt heute auf der Erforschung der Diözesen und Domstifte der Reichskirche. Das Projekt profitiert vor allem von der Zusammenarbeit mit ehrenamtlichen Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern, die vor Ort die Quellen in Archiven und Bibliotheken auswerten und mit Unterstützung der Redaktion die Handbücher verfassen.
Die Germania Sacra bietet ihre Publikationen auch in digitaler Form frei verfügbar im Internet an. Das Digitale Personenregister der Germania Sacra bietet mit derzeit rund 70.000 (Stand Mai 2019) Einträgen Informationen zu einem breiten Spektrum von geistlichen und weltlichen Amtsträgern, die für die Geschichte der Bistümer, Stifte und Klöster des Mittelalters und der Frühen Neuzeit von Bedeutung waren. Außerdem stellt das Projekt eine Online-Datenbank zu Klöstern und Stiften des Alten Reiches zur Verfügung.