Aufgabe des Vorhabens ist die Herausgabe der ersten wissenschaftlich-kritischen Gesamtausgabe der Werke Joseph Haydns. Die auf 108 Bände angelegte Ausgabe umfasst 32 Reihen (als 2 weitere Reihen sind Supplemente und Register geplant). Innerhalb jeder Reihe werden die Werke nach Möglichkeit chronologisch angeordnet. Außerdem veröffentlicht werden die Haydn-Studien, die unter anderem eine Haydn-Bibliographie enthalten.
Bei wohl keinem anderen bedeutenden Komponisten des 18. Jahrhunderts ist die Überlieferung so problematisch wie bei Joseph Haydn. Nur etwa ein Drittel der Werke ist im Autograph erhalten; für den überwiegenden Teil bilden Kopistenabschriften den Schwerpunkt der Überlieferung. (Zeitgenössische Drucke sind zwar in großer Zahl vorhanden, spielen für die Edition jedoch selten eine Rolle.) Viele Werke sind ausschließlich in nicht-authentischen Abschriften überliefert, Abschriften also, die nicht in Haydns unmittelbarem Umkreis entstanden. Daher gehen der Edition meist umfangreiche Untersuchungen zur Abhängigkeit der Quellen voraus. Ebenso gilt es, die Echtheit von Werken zu prüfen, denn zahlreiche Kompositionen wurden Haydn fälschlich zugeschrieben - berühmte Beispiele sind die „Kindersinfonie“ und jenes Divertimento, aus dem Johannes Brahms das Thema seiner „Haydn-Variationen“ nahm.