Leben, Werk und Person des in Stendal geborenen und ab 1755 in Rom tätigen Archäologen und Kunstgelehrten Johann Joachim Winckelmann (1717–1768) boten in der Vergangenheit für Archäologen, Kunsthistoriker und Literaturwissenschaftler immer wieder Anlass zu Beschäftigung und kritischer Auseinandersetzung. Eine wissenschaftliche Edition der Winckelmannschen Werke gab es bislang noch nicht. Mit finanzieller Unterstützung der Volkswagen-Stiftung begannen 1988 die Winckelmann-Gesellschaft Stendal und das Seminar für Klassische Archäologie der Freien Universität Berlin - damals noch als deutsch-deutsches Gemeinschaftsprojekt - mit der kritischen Bearbeitung der Geschichte der Kunst des Altertums, Winckelmanns Hauptwerk. 1992 beauftragte die Landesregierung von Sachsen-Anhalt die Winckelmann-Gesellschaft mit der Fortsetzung der Arbeit im Rahmen einer Gesamtausgabe. 1996 übernahmen die Mainzer Akademie der Wissenschaften und der Literatur und die Erfurter Akademie gemeinnütziger Wissenschaften gemeinsam mit der Winckelmann-Gesellschaft Stendal die Herausgabe von Schriften und Nachlass Johann Joachim Winkelmanns. Die Arbeitsstelle befindet sich in Stendal, wo der gesamte handschriftliche Nachlass in Kopie und eine umfangreiche Spezialbibliothek zum Winckelmann-Schrifttum vorhanden ist.
Die Edition versteht sich als ein interdisziplinäres Unternehmen, das sowohl archäologisch als auch philologische sowie kunst- und kulturgeschichtliche Aspekte des Winckelmannschen Werkes berücksichtigt. Schwerpunkte sind daher außer der Textherstellung und sprachgeschichtlichen Kommentierung vor allem die Sachkommentare zu den von Winckelmann genannten Denkmälern, Personen oder Ereignissen und den von ihm zitierten Schriften. Der jeweils heutige Forschungsstand wird dokumentiert, Ursachen und Umstände der Irrtümer oder falschen Interpretationen dargestellt. Verweise auf Parallelstellen in anderen Werken Winckelmanns, in seinen Briefen oder im handschriftlichen Nachlass sollen die zu edierenden Schriften in den Kontext des Gesamtwerkes, der Biographie sowie der Geistes- und Zeitgeschichte stellen. Von besonderem Interesse für die Ausgabe ist der zum großen Teil noch unpublizierte handschriftliche Nachlass. Die Edition bzw. Auswertung dieses Nachlasses bildet die Voraussetzung und einen wichtigen Bestandteil der Winckelmann-Ausgabe.
Erstmals werden alle von Winckelmann behandelten Antiken durch Fotografien bzw. Stiche auch bildlich dokumentiert; die von Winckelmann behandelten oder erwähnten Antiken sind seit 2000 in einer Datenbank „Antiken, die Winckelmann kannte“ verfügbar (Verlag Biering und Brinkmann, München).