Die Aufgabe des Unternehmens besteht in der kritischen Edition der Septuaginta, des griechischen Alten Testaments, unter Verwertung der gesamten Überlieferung, d.h. der griechischen Handschriften von den vorchristlichen Fragmenten bis ins 15. Jahrhundert n. Chr., der Tochterübersetzungen (in lateinischer, syrischer, koptischer, äthiopischer und armenischer Sprache) und der Zitate der griechischen und lateinischen Kirchenväter. Das Unternehmen arbeitet nach den von der Septuaginta-Kommission aufgestellten Richtlinien.
Neben den Editionen erscheinen in den Mitteilungen des Septuaginta-Unternehmens (MSU) die ausführlichen Textgeschichten zu den edierten Büchern sowie weitere, vornehmlich textgeschichtliche Arbeiten zur Septuagintaforschung. Als einer der nächsten Bände ist die Neubearbeitung des Handschriftenverzeichnisses von Alfred Rahlfs vorgesehen.
Das Unternehmen ist weltweit das einzige seiner Art und findet daher große Beachtung und Anerkennung, was nicht zuletzt in dem regen internationalen Kontakt der von Forschern aus dem In- und Ausland aufgesuchten Arbeitsstelle zum Ausdruck kommt. Die hier geleistete Arbeit fördert das Verständnis des hebräischen Alten Testaments wie des neuen Testaments und frühen Christentums, dessen „Heilige Schrift“ das griechische Alte Testament war. Als wichtigstes Zeugnis des hellenistischen Judentums ist die Septuaginta aber auch für die Erforschung der griechischen Antike insgesamt, insbesondere der griechischen Sprachgeschichte wie der hellenistisch-römischen und spätantiken Religionsgeschichte, von zentraler Bedeutung.